А.А. Яковкин родился в Благовещенском заводе (бывшей Уфимской губернии) 21.5.1887 г.. В 1910 г., по окончании КУ, работал в Энгельгардтовской обсерватории и одновременно с 1916 г. преподавал на кафедре астрономии. При А.А. Яковкине в коллектив обсерватории влились выпускники КУ — Н. А. Лясс (Чудовичева ), Л. А. Смагина (Агафонова), Г. Б. Агафонов, Н. А. Чудовичев, С. В. Некрасова, И. В. Белькович. Кроме вычислений, начались постоянные наблюдения на рефракторе и на восстановленном меридианном круге, ранее пришедшем в негодность. А. А Яковкин возобновил астрофизические наблюдения, приобретя в 1929 году для астрографа Гейде 120-мм объектив фирмы Цейсс и объективную призму, что позволило фотографировать звёздные поля с целью выявления переменных звёзд и получать звёздные спектры. Эти фотоснимки положили начало стеклянной библиотеке Энгельгардтовской Обсерватории, насчитывающей к настоящему времени десятки тысяч фотопластинок. Сам А.А. Яковкин выполнил большой ряд наблюдений на гелиометре, в результате обработки которых получил уточнённые значения физической либрации Луны. Кроме исследований Луны, он занимался решением некоторых задач теоретической астрономии, спектроскопическими наблюдениями, являлся автором ряда оригинальных приборов и приспособлений для решения различных астрономических задач, в частности, механической машины для предвычисления покрытий звёзд Луною.
В 1931г. профессор Авенир Александрович Яковкин принял в заведование кафедру геодезии КУ, а в 1937 году покинул Казань, возглавив кафедру астрономии Свердловского университета. Позднее, в 1945 г., А.А. Яковкин переехал в Киев, где сначала работал профессором Киевского университета, а в дальнейшем был директором Голосеевской обсерватории (Главной астрономической обсерватории АН Украинской ССР).