Родился 26 октября (7 ноября) 1845 года в селе Орлово, Балтского уезда Подольской губернии, в дворянской семье. Получив воспитание дома, в 1860 году сдавал экзамены в III класс Немировской гимназии, но не поступил туда, и в следующем 1861 году, был принят в IV класс 1-й Киевской гимназии. Здесь, под руководством известных латинистов — профессора университета святого Владимира и директора гимназии Дэллена, инспектора Ростовцева и филолога Андрея Иванова он получил солидную подготовку по предмету своей будущей специальности — латинскому языку. Окончив в 1866 году гимназию, в том же году поступил на историко-филологический факультет Новороссийского университета. Изучал классическую филологию под руководством профессоров В. Н. Юргевича и др.
В 1870 году за сочинение «Разбор исследования О. Риббека „Der echte und unechte Juvenal“» был удостоен золотой медали и утверждён кандидатом университета. Выдержав особое испытание на учителя гимназии, он был назначен 21 августа 1870 года преподавателем латинского языка в рижскую Александровскую гимназию, где позже преподавал также географию. В Риге, с 1875 года, он также преподавал эти предметы в женской Ломоносовской гимназии. В декабре 1875 года сдал в Новороссийском университете магистерские экзамены, в 1876 году защитил в Харьковском университете диссертацию «Первая сатира Ювенала» и 9 мая был утверждён в степени магистра римской словесности. В 1881 году получил звание заслуженного преподавателя гимназии, а 27 мая 1883 года защитил в Дерптском университете докторскую диссертацию «De Juvenalis vita observationes» и 18 июня был выбран на должность ординарного профессора кафедры римской словесности Казанского университета. С 1871 года, преимущественно в «Рижском вестнике», стали печататься его научно-популярные и музыкально-критические статьи.
В Казанском университете Нагуевский не только читал теоретические курсы, но и проводил практические занятия, для которых по его инициативе при историко-филологическом факультете в 1885 году была создана специальная библиотека классической филологии. В 1886 году факультет избрал его заведующим созданного при университете нумизматического музея. В 1887 и 1888 годах по поручению факультета он также читал лекции на вакантной кафедре теории и истории искусств. В 1892 году временно исправлял должность казанского отдельного цензора. С 1896 года также преподавал латинский язык в Ксениинской гимназии. С 28 декабря 1888 года — действительный статский советник. В 1887 году за учёные заслуги (al merito scientifico) был избран почётным профессором итальянского академического института Гумберта I в Ливорно. Был членом нескольких учёных обществ, в том числе нумизматических — московского и краковского.